Comment le VIH est-il lié ?

Le Hi-C et les techniques associées constituent un groupe de méthodes de capture de conformation chromosomique utilisées pour étudier l'organisation spatiale du génome.

Ces techniques mesurent la fréquence des interactions physiques entre différentes régions du génome, fournissant ainsi des informations sur la structure de la chromatine d’ordre supérieur et les interactions régulatrices à longue portée. Voici quelques techniques Hi-C et associées couramment utilisées :

1. Hi-C (capture de conformation de la chromatine à haut débit) :

Il s’agit de la technique Hi-C originale et la plus utilisée. Cela implique la réticulation de segments de chromatine en interaction, la fragmentation de l’ADN, puis la ligature des fragments d’ADN ensemble. Les fragments ligaturés sont ensuite séquencés et les données résultantes sont utilisées pour générer une carte d'interaction à l'échelle du génome.

2. 5C (Capture de la conformation des chromosomes circulaires) :

Cette technique est similaire à Hi-C mais utilise une méthode de préparation de bibliothèque différente qui aboutit à des fragments d'ADN circularisés. La circularisation permet une capture plus efficace des interactions à longue distance et peut fournir des données à plus haute résolution dans certaines régions du génome.

3. ChIA-PET (analyse des interactions chromatiniennes par séquençage de balises appariées) :

Cette technique combine l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) avec Hi-C pour identifier les interactions à longue portée associées à des protéines spécifiques ou à des modifications d'histone. Il peut être utilisé pour cartographier les interactions de facteurs de transcription spécifiques ou d’autres protéines régulatrices avec leurs gènes cibles.

4. PLAC-seq (séquençage de la chromatine assisté par ligature de proximité) :

Cette technique utilise la ligature de proximité pour capturer les fragments d’ADN en interaction avant le séquençage. Il permet la détection d'interactions à une résolution plus élevée par rapport aux méthodes Hi-C traditionnelles et peut fournir des informations sur l'orientation des séquences en interaction.

5. Capturer Hi-C :

Cette technique utilise des sondes d'ARN biotinylées pour enrichir les interactions entre des régions génomiques d'intérêt spécifiques. En concevant des sondes qui ciblent des locus spécifiques, Capture Hi-C permet une analyse ciblée des interactions génomiques d'une manière spécifique à une région.

Chacune de ces techniques fournit des informations précieuses sur l’organisation tridimensionnelle du génome et a contribué à notre compréhension de la régulation génique, de la dynamique de la chromatine et de l’architecture nucléaire. Le choix de la technique dépend souvent de la question de recherche spécifique et du niveau souhaité de résolution et de mappabilité.