Types AutoDock Atom

AutoDock est une plate-forme d'enseignement qui utilise des atomes connus et une interface réseau en combinaison avec des applications de collage de prédire le taux de liaison de la plupart des petites molécules . Cela permet aux étudiants d'étudier pratiquement molécule de liaison sans nécessiter de temps de laboratoire coûteux et formation . Éléments

AutoDock prend en charge les éléments de base : H , C , N , O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br et I. Elles ont été paramétrée dans le programme pour qu'il reconnaisse leurs caractéristiques physiques , les attributs et les réactions à d'autres éléments . Ces éléments de base peuvent être utilisés pour former une molécule et testées avec une demande de liaison ou de solvant . Par exemple , un étudiant indiquer deux molécules d'hydrogène pour une molécule d'oxygène , H2O et serait en mesure de tester cette molécule d'eau par rapport à son taux de liaison .
Reliure

AutoDock prend en charge une variété de produits chimiques et d'éléments de liaison ou l'amarrage , le nom et l' étiquette ou de l'élément d'accueil doivent être dactylographiés dans l'interface utilisateur pour localiser et sélectionner l'élément approprié . AutoDock fournit un système d'outils conçus pour aider vue , surveiller et d'accélérer le processus de collage . Il s'agit notamment de la cristallographie aux rayons X ; la conception de médicaments basée sur la structure , l'optimisation de plomb , le criblage virtuel ( HTS ) , la conception de bibliothèques combinatoires , protéine - protéine et l'amarrage des études de mécanisme chimique . Cela permet à un étudiant de travailler avec les éléments et de les coller dans une variété de conditions pour que les meilleurs et les plus précises des résultats de test peuvent être atteints.

Grille Carte Photos

la grille de AutoDock ou grille Carte est utilisée pour coupler et les éléments de match avec des liants ; faire, l'étudiant doit entrer le nom chimique de l'élément au format unique de lettre pour le localiser sur la grille . Éléments sur la grille ont déjà été étudiés et testés et leurs périmètres ont déjà été définis . Cela permet à un étudiant de choisir simplement un atome et liant sans avoir à entrer dans les détails . Le AutoDock Grille Carte permet donc un élève de connaître les propriétés et les périmètres de l'atome , tout en testant son taux de liaison .
Éléments Ajout

Si un étudiant a un élément qui n'a pas encore été entré dans le système de AutoDock , ils peuvent entrer en utilisant le fichier de périmètre pré- existant de AutoDock l'information exacte et détaillée sur l'atome en question . Cela devrait ensuite être transféré à AutoDock et calibré , recalibré pour une précision avant d'être testés . Toutefois , il convient de noter que l'ajout d' un élément nécessite une connaissance approfondie de la façon dont l'élément sera agir et de réagir au cours du processus de liaison ainsi que par d'autres atomes .